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J’ai publié une réutilisation (non actualisée) de quatre jeux de données covid-19 mis à disposition par Santé Publique France, sur la plateforme data.gouv.fr :

Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19

Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19

Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (production interrompue par SPF depuis le 29/05)

Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP)

 

Les quatre jeux de données étant à la granularité du département. Le référentiel d'enrichissement est donc identique pour chacun d’entre eux.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :

Préfecture du dpt, indication de la préfecture de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, décès, population INSEE, par tranches d'âge, etc..
Lien de téléchargement (formats .csv et tableur) : referentiel_enrichissement_SPF.zip

Liens de téléchargement (.csv) des quatre sources enrichies le samedi 19 septembre 2020 (actualisation partielle le 26/09) :

Source 1 : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19 (18/09)

Source 2 : Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19 (17/09)

Source 3 : Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (29/05) non actualisée par SPF

Source 4 :Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP) (15/09)


Mon dépôt git, public et (très) basique : https://github.com/fcafca/Enrichissement-des-donnees-COVID-19-Sante-Publique-France

 

Pour échanger, c’est ici (contacter le producteur) : https://www.data.gouv.fr/fr/reuses/croisement-des-fichiers-et-enrichissement-du-jeu-de-donnees-publie-par-sante-publique-france/


J’ai démarré la réalisation d’une série de tableaux de bord, avec l’outil libre et open source Apache Superset qui représente une alternative crédible au « poids lourd » du secteur : Tableau.
Malheureusement, pour l’instant, je ne dispose pas d’une instance dimensionnée pour proposer un accès public à Superset.
Dans l’attente, je publie ces copies d’écran. Trois thèmes sont abordés :

 

Thème 1 : Evaluation du déconfinement depuis le 1er juin


05/07 Pour résumer la situation en ce début du mois de Juillet, mis à part en Guyane et à Mayotte, l’épidémie est annoncée comme globalement maîtrisée.
En revanche, le virus est toujours là. La situation est mesurée par Santé Publique France au travers d’un point hebdomadaire publié en fin de semaine.
Le point central d’attention tourne autour des fameux « clusters », et notre capacité à les traiter au fur et à mesure de leurs apparitions.
Le PDF de l’analyse nationale est pour le moins consistant. 31 pages de graphiques accompagnés de commentaires, pour certains assez « obscurs ».

https://www.santepubliquefrance.fr/recherche/#search=COVID%2019%20point%20epidemiologique&sort=date

Certaines données ne sont pas publiques, notamment celles qui concernent le détail et la localisation des clusters.
Pour celles qui sont accessibles et issues des trois sources disponibles citées en début de page, j’ai pour objectif de reprendre certains de leurs graphiques, en plus « détaillé ».

02/08 : Les patients en réanimation sont remplacés par le Taux d’incidence hebdomadaire. Les périodes sont identiques à celles affichées dans le point hebdo de Santé Publique France

« Le taux d'incidence correspond au nombre de personnes infectées sur une semaine, dans une population de 100 000 habitants.
Deux seuils ont été fixés par le ministère de la Santé : le seuil de vigilance est atteint si plus de dix personnes sont infectées pour 100 000 habitants. Le seuil d'alerte se trouve à 50 personnes infectées. "Il complète le taux de fréquence d'une maladie, qui est le nombre de cas global au sein de la population, précise Emmanuel Rusch, président de la Société française de santé publique, à France info. »
(France Info)

04/09 : Finalement, sur les conseils avisés de mon ancien collègue Valentin, j’ai repositionné le graphique sur les patients en réanimation.
😁



26/09 : Résumé du Point épidémiologique hebdomadaire du 24/09/2020, à comparer avec celui du 02/07/2020 ou tout allait (à peu près) bien…

 Une image contenant texte

Description générée automatiquement

 

 

17/09 National : « En France métropolitaine, la circulation virale continue sa progression entrainant une dégradation de la situation.
Les indicateurs de suivi de l’épidémie de COVID-19 poursuivent leurs augmentations au niveau de la médecine de ville ainsi qu’au niveau hospitalier, avec une hausse des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19, des nouvelles hospitalisations ainsi que des admissions en réanimation et des décès.

Les admissions en réanimation augmentent désormais de manière exponentielle.

Le nombre de décès liés au COVID-19 est en augmentation notamment ceux survenus dans les établissements de santé. La surveillance des certificats de décès transmis par la certification électronique des décès rapporte également une augmentation des décès contenant la mention COVID-19 entre les semaines 37 et 38.

Les hausses des admissions en hospitalisation conventionnelle, en réanimation, ainsi que des décès étaient attendues du fait de la transmission communautaire non maitrisée et de l’augmentation des cas confirmés de COVID-19 rapportée depuis mi-août 2020. Les formes graves pouvant conduire à des hospitalisations et des admissions en réanimation avec un décalage d’une à deux semaines après le début des signes et au décès avec un décalage de 3 à 4 semaines.

Si le virus continue de circuler largement chez les adultes jeunes, la poursuite de l’augmentation des cas chez les 65 ans et plus, l’augmentation des signalements d’épisodes de COVID-19 survenus en Ehpad ainsi que l’augmentation des nombres de décès pour COVID-19 confirment les signaux d’alerte identifiés depuis plusieurs semaines.
La plus grande vigilance doit être maintenue auprès des personnes âgées compte tenu de la fragilité de cette population dans laquelle survient le plus grand nombre de décès dus au SARS-CoV-2.

Au niveau national, les nouvelles hospitalisations, les admissions en réanimation pour COVID-19 et les nombres de décès restent encore à des niveaux modérés en comparaison à la situation observée en mars-avril 2020, mais la diffusion du virus chez les personnes les plus âgées, fait craindre la poursuite des hospitalisations et des décès dans les semaines à venir. »
(Santé Publique France - Point épidémiologique COVID-19 du 24/09)

National (métropole pour les six graphiques en courbe)




Île-de-France : D'après les données fournies par Sante Publique France, on dénombre ce vendredi 25 septembre dans la région Ile-de-France : 8.013 décès au total avec 7 morts en 24h.
Actuellement, 339 personnes sont en réanimation et 1.929 personnes hospitalisées. L'âge moyen des patients en réanimation est de 60 ans.
L'Ile-de-France qui dépassent désormais le seuil d'alerte, compte actuellement 61 clusters actifs en Île-de-France.
Contrairement au point épidémiologique national qui indique que toutes les tranches d'âges sont concernées, en Île-de-France,
ce sont les 20 à 30 ans qui sont les plus fortement touchés par l'épidémie de coronavirus.
Cela entretient le risque d'une transmission vers des personnes plus âgées (parents, collègues,...) dans la poursuite de la progression du virus.
Par ailleurs le nombre de clusters actifs repart à la hausse et sont principalement présent dans les milieux professionnels, établissements sociaux d'hébergement et d'insertions ainsi que les établissements de santé. Quand au milieu scolaire, il représente 5,2% des clusters en cours d'investigation
(sortiraparis.com – 25/09) 




Région PACA : « Selon l'Agence Régionale de Santé de la Région PACA, "plusieurs indicateurs sont préoccupants" sur notre territoire.
Ils concernent tout d'abord les hospitalisations. Ces dernières ont augmenté de 28% par rapport à la semaine dernière.
Dans la région, 765 personnes sont actuellement hospitalisées. Dans les Bouches-du-Rhône, cela concerne 486 personnes (+81 par rapport à la semaine dernière).
Autre préoccupation, les hospitalisations en réanimation. Elles ont augmenté de 17% par rapport à la semaine précédente.
Actuellement dans la région, 157 personnes sont en réanimation. C'est 19 de plus que la semaine précédente.
Dans le département des Bouches-du-Rhône, 116 personnes sont en réanimation (+8).
A noter que 3% des hospitalisations concernent les moins de 45 ans, 30% les 45-65 ans, 34% les 65-74 ans et 33% les plus de 75 ans.
Cette semaine, 6 444 nouveaux cas ont été recensés dans la région PACA et 104 982 personnes se sont faites testées dans la région.
A noter encore que 30 personnes sont décédées à l'hôpital, du covid-19, cette semaine dans la région ...»
(maritima.info -
24/09/2020 ) 




Région Occitanie : « Entre mardi 22 septembre et ce vendredi, entre les deux bulletins d'informations de l'ARS, 30 nouveaux patients ont été hospitalisés en Occitanie (349 hospitalisations sont en cours) dont 11 nouveaux cas de réanimations (98 patients sont actuellement en réanimations dans les hôpitaux de la région).
En Occitanie, plus de 100 000 tests ont été pratiqués cette semaine. 1134 cas positifs sont détectés par jour en moyenne soit 6,6 % de tests positifs en moyenne. Par ailleurs, sur la dernière semaine écoulée, pas moins de 7 934 personnes ont été testées positives au Covid-19 dans la région. »
(La Dépêche)


Thème 2 : Chiffres clés

 

 






 

 

 

 

 

 

Thème 3 : Retour aux urgences des patients « non covid » (AVC, infarctus…)

 

 




 
Région Île-de-France : La situation tend à revenir à la normale, mais pas complètement




Thème 4 : Tests Dash