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A compter du 18/10, le site sera réactualisé partiellement le jeudi matin (thème 2), et intégralement le samedi midi

 

Je propose une « réutilisation » de quatre jeux de données covid-19 mis à disposition par Santé Publique France, sur la plateforme data.gouv.fr :

Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19

Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19

Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP)

Taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19 (SI-DEP)

 

Les quatre jeux de données étant à la granularité du département. Le référentiel d'enrichissement est donc identique pour chacun d’entre eux.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :

Préfecture du dpt, indication de la préfecture de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, décès, population INSEE, par tranches d'âge, etc..
Lien de téléchargement (formats .csv et tableur) : referentiel_enrichissement_SPF.zip

Liens de téléchargement (.csv) des quatre sources enrichies le samedi 21 novembre 2020

Source 1 : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19 (20/11)

Source 2 : Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19 (19/11)

Source 3 :Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP) (17/11)

Source 4 :Taux d'incidence de l'épidémie de COVID-19 (SI-DEP) (17/11) Nouvelle source


Pour échanger, c’est ici (contacter le producteur) : https://www.data.gouv.fr/fr/reuses/croisement-des-fichiers-et-enrichissement-du-jeu-de-donnees-publie-par-sante-publique-france/


J’ai démarré la réalisation d’une série de tableaux de bord, avec l’outil libre et open source Apache Superset qui représente une alternative crédible au « poids lourd » du secteur : Tableau.
Malheureusement, pour l’instant, je ne dispose pas d’une instance dimensionnée pour proposer un accès public à Superset.
Dans l’attente, je publie ces copies d’écran. Deux thèmes sont abordés :

 

Thème 1 : Evaluation de la situation depuis le 1er juin


05/07 Pour résumer la situation en ce début du mois de Juillet, mis à part en Guyane et à Mayotte, l’épidémie est annoncée comme globalement maîtrisée.
En revanche, le virus est toujours là. La situation est mesurée par Santé Publique France au travers d’un point hebdomadaire publié en fin de semaine.
Le point central d’attention tourne autour des fameux « clusters », et notre capacité à les traiter au fur et à mesure de leurs apparitions.
Le PDF de l’analyse nationale est pour le moins consistant. 31 pages de graphiques accompagnés de commentaires, pour certains assez « obscurs ».

https://www.santepubliquefrance.fr/recherche/#search=COVID%2019%20point%20epidemiologique&sort=date

Certaines données ne sont pas publiques, notamment celles qui concernent le détail et la localisation des clusters.
Pour celles qui sont accessibles et issues des trois sources disponibles citées en début de page, j’ai pour objectif de reprendre certains de leurs graphiques, en plus « détaillé ».

02/08 : Les patients en réanimation sont remplacés par le Taux d’incidence hebdomadaire. Les périodes sont identiques à celles affichées dans le point hebdo de Santé Publique France

« Le taux d'incidence correspond au nombre de personnes infectées sur une semaine, dans une population de 100 000 habitants.
Deux seuils ont été fixés par le ministère de la Santé : le seuil de vigilance est atteint si plus de dix personnes sont infectées pour 100 000 habitants. Le seuil d'alerte se trouve à 50 personnes infectées. "Il complète le taux de fréquence d'une maladie, qui est le nombre de cas global au sein de la population, précise Emmanuel Rusch, président de la Société française de santé publique, à France info. »
(France Info)

04/09 : Finalement, sur les conseils avisés de mon ancien collègue Valentin, j’ai repositionné le graphique sur les patients en réanimation.
😁

18/10 : Réorganisation des graphiques


31/10 : Réorganisation des graphiques : Situation au premier jour du second confinement

08/11 : Evolution du dashboard « région ». Remplacement de la dernière ligne par trois graphiques qui permettent de comparer le précédent confinement, et l’actuel. Ajout d’un dashboard « National »

20/11 : Sur les conseils de mon collègue PaKmaX, je traite désormais la « source » Santé Publique France : metadonnees-donnees-hospitalieres-covid19-nouveaux.csv. On y récupère les réels « entrants » en réa et à l’hopital.

20/11 : Sur les conseils de Vivien Gueant (https://lafibre.info/images/doc/statistiques_covid-19.pdf?version=last), le cumul des patients en réa et à l’hopital (nouveau) s’effectue désormais sur le dernier jour de la semaine.





21/11 Evolution des principaux indicateurs pour les 13 régions de métropole, depuis le 1er juin :
 

National (nouveau) :





Île-de-France :




PACA :




Occitanie :




Hauts-de-France :




Auvergne-Rhône-Alpes :




Bourgogne-Franche-Comté :




Bretagne :




Centre-Val-de-Loire :




Corse :




Grand-Est :





Normandie :




Nouvelle-Aquitaine :




Pays-de-la-Loire :





Thème 2 : Chiffres clés (actualisés le 21/11)
(Premier jour de la semaine : Dimanche)

 




 












 

 

 



Indicateurs au niveau National (Actualisés le 21/11/2020)











 

 



 

 



Focus sur le département de la Loire (indicateurs actualisés le 12/11/2020)