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J’ai publié une réutilisation de quatre jeux de données covid-19 mis à disposition par Santé Publique France, sur la plateforme data.gouv.fr :

Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19

Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19

Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (production interrompue par SPF depuis le 29/05)

Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP)

Les quatre jeux de données étant à la granularité du département. Le référentiel d'enrichissement est donc identique pour chacun d’entre eux.
Il comporte 17 colonnes qui précèdent celles des données :

Préfecture du dpt, indication de la préfecture de région, latitude et longitude (pour carto), superficie, décès, population INSEE, par tranches d'âge, etc..
Lien de téléchargement (formats .csv et tableur) : referentiel_enrichissement_SPF.zip

Liens de téléchargement (.csv) des quatre sources enrichies le dimanche 9 août 2020 :
Les données sont actualisées du lundi au vendredi par Santé Publique France pour la source 1

Source 1 : Données hospitalières relatives à l'épidémie de COVID-19 (07/08)

Source 2 : Données des urgences hospitalières et de SOS médecins relatives à l'épidémie de COVID-19 (08/08)

Source 3 : Données relatives aux tests de dépistage de COVID-19 réalisés en laboratoire de ville (29/05) non actualisée par SPF

Source 4 :Données relatives aux résultats des tests virologiques COVID-19 (SI-DEP) (06/08)

Mon dépôt git, public et (très) basique : https://github.com/fcafca/Enrichissement-des-donnees-COVID-19-Sante-Publique-France

Pour échanger, c’est ici (contacter le producteur) : https://www.data.gouv.fr/fr/reuses/croisement-des-fichiers-et-enrichissement-du-jeu-de-donnees-publie-par-sante-publique-france/


J’ai démarré la réalisation d’une série de tableaux de bord, avec l’outil libre et open source Apache Superset qui représente une alternative crédible au « poids lourd » du secteur : Tableau.
Malheureusement, pour l’instant, je ne dispose pas d’une instance dimensionnée pour proposer un accès public à Superset.
Dans l’attente, je publie ces copies d’écran. Trois thèmes sont abordés :

Thème 1 : Evaluation du déconfinement depuis le 1^er juin (nouvelle version)

05/07 Pour résumer la situation en ce début du mois de Juillet, mis à part en Guyane et à Mayotte, l’épidémie est annoncée comme globalement maîtrisée.
En revanche, le virus est toujours là. La situation est mesurée par Santé Publique France au travers d’un point hebdomadaire publié en fin de semaine.
Le point central d’attention tourne autour des fameux « clusters », et notre capacité à les traiter au fur et à mesure de leurs apparitions.
Le PDF de l’analyse nationale est pour le moins consistant. 31 pages de graphiques accompagnés de commentaires, pour certains assez « obscurs ».

https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-30-juillet-2020

Certaines données ne sont pas publiques, notamment celles qui concernent le détail et la localisation des clusters.
Pour celles qui sont accessibles et issues des trois sources disponibles citées en début de page, j’ai pour objectif de reprendre certains de leurs graphiques, en plus « détaillé ».

Le dashboard réalisé est un premier jet, une sorte de brouillon que je compte bien améliorer dans les jours à venir.

02/08 : Les patients en réanimation sont remplacés par le Taux d’incidence hebdomadaire. Les périodes sont identiques à celles affichées dans le point hebdo de Santé Publique France

« Le taux d'incidence correspond au nombre de personnes infectées sur une semaine, dans une population de 100 000 habitants.
Deux seuils ont été fixés par le ministère de la Santé : le seuil de vigilance est atteint si plus de dix personnes sont infectées pour 100 000 habitants. Le seuil d'alerte se trouve à 50 personnes infectées. "Il complète le taux de fréquence d'une maladie, qui est le nombre de cas global au sein de la population, précise Emmanuel Rusch, président de la Société française de santé publique, à France info. »
(France Info)

09/08 : Résumé du Point épidémiologique hebdomadaire du 6 aout 2020

09/08 : Evolution en Île-de-France du taux d’incidence, selon la périodicité hebdomadaire utilisée par Santé Publique France

Île-de-France : « Le taux d’incidence hebdomadaire standardisé sur l’âge et le sexe est passé en Ile-de-France de 7,6/100 000 habitants en semaine 29 à 16,7/100 000 habitants en semaine 30 et 23,7/100 000 habitants en semaine 31, avec une nette accélération de l’augmentation sur cette dernière semaine.
Les taux d’incidence dans les départements de la petite couronne en semaine 31 étaient : Paris (27,2 pour 100 000), Hauts-de-Seine (22,7 pour 100 000), Seine-Saint-Denis (28,1 pour 100 000) et Val-de-Marne (28 pour 100 000).
Le département du Val-d’Oise (20,7 pour 100 000) montrait une légère diminution du taux d’incidence par rapport à la semaine précédente.
La vigilance s’accroit aussi sur les départements de Seine-et-Marne, des Yvelines et de l’Essonne qui affichent aussi de très fortes augmentations sur la dernière semaine.
Les taux d’incidence les plus élevés sont observés chez les 20-30 ans et varient de 32/100 000 dans les Yvelines à 67/100 000 à Paris. »

(Santé Publique France - Point épidémiologique COVID-19 du 06/08)

Pays de la Loire : « Enfin une bonne nouvelle pour la Mayenne. Les chiffres de contamination sont « à la baisse ». Les actions menées pour imposer le masque, dépister et isoler vont « dans le bon sens », a indiqué ce mardi l’Agence régionale de Santé. « Nous confirmons une tendance à la baisse du taux d’incidence et du taux de positivité et, avec toutes les réserves d’usage, nous pouvons dire que notre plan d’action (…) va dans le bon sens », précise l’ARS des Pays de la Loire... »
(20 minutes)




Grand Est : «
– Il n’y a pas de cluster dans la Meuse.
– Dans le Bas-Rhin, 2 foyers de contamination (autres) (12 cas, contre 15 cas la semaine passée).
– Dans le Haut-Rhin, 2 foyers de contamination (autres) (38 cas).
– Dans les Vosges, 3 foyers de contamination : 1 cluster dans un établissement social et médico-social pour personnes handicapées (45 cas, contre 42 cas la semaine passée), 1 cluster le milieu scolaire et universitaire (4 cas), 1 autre cluster identifié (11 cas).
– Il n’y a pas de cluster dans les Ardennes.»
(L’Union)

Thème 2 : Chiffres clés

Thème 3 : Retour aux urgences des patients « non covid » (AVC, infarctus…)

Région Île-de-France : La situation tend à revenir à la normale, mais pas complètement